Когда иммунная система бунтует против собственного организма и вместо патогенов иммунный ответ вызывают его клетки — это называют аутоиммунной болезнью.
Механизмов такой реакции несколько. Первый — выработка клетками иммунной системы антител против собственных молекул, которые в этом случае называют аутоантигенами. Второй — другие иммунные клетки разрушают целые клетки какого-то органа: либо потому, что не признали их за свои, либо из-за того, что некоторые белки этих клеток случайно оказались схожими с молекулами патогенов. Поскольку удалить «раздражитель» из организма невозможно, то лечение обычно принимает хронический характер.